Začetki arhivske dejavnosti v Primorju so povezani s knjižnicami. V Piranu so mestnega arhivarja namestili leta 1877, leta 1891 pa so arhiv združili z mestno knjižnico. V Kopru je knjižnica začela prevzemati arhivsko gradivo leta 1900. Na pobudo Zgodovinskega društva za jugoslovansko cono Svobodnega tržaškega ozemlja v Kopru je Občinski ljudski odbor (ObLO) Koper 1. oktobra 1953 ločil arhiv od mestne knjižnice. Arhiv je postal samostojna služba v okviru ObLO Koper, njegov prvi upravnik pa je postal prof. Mario Bratina. Po priključitvi cone B Svobodnega tržaškega ozemlja k Jugoslaviji je bil na podlagi jugoslovanske arhivske zakonodaje 25. februarja 1956 ustanovljen Mestni arhiv Koper. Od 1. julija 1966 je bilo območje delovanja razširjeno na občine Ilirska Bistrica, Izola, Postojna in Sežana. S sklepom Okrožnega gospodarskega sodišča Koper, št. 1068/67 z dne 13. 10. 1967 je bil arhiv preimenovan v Pokrajinski arhiv Koper, 20. 6. 1974 se mu je priključil še Mestni arhiv Piran (sedaj enota), ki je bil ustanovljen 25. 2. 1955. S sklepom o ustanovitvi javnega zavoda Pokrajinski arhiv Koper (UL RS, št. 17/98) je postala ustanoviteljica arhiva Republika Slovenija.
Pokrajinski arhiv Koper je javni zavod s področja kulture in opravlja službo varstva arhivskega gradiva. Ustanovila ga je vlada Republike Slovenije 26. junija 2003 s sklepom št. 633-02/2003-1 (UL RS št.67/2003 z dne 11.7. 2003). V sodni register je vpisan pri Okrožnem sodišču Koper pod registrsko številko 1-72-00. V Kopru ima prostore v bivšem samostanu sv. Klare, njegova dislocirana enota pa je na lokaciji Savudrijska 5 v Piranu.
sedež PAK v Kopru
sedež enote PAK v Piranu